بفضل التقدم في تقنية الحقن المجهري (ICSI)، أصبح دور الحيوان المنوي حاسماً في تطور الجنين ونموه. وقد أدت الأبحاث المكثفة في هذا الصدد إلى استخدام اختبارات وظيفية للحيوانات المنوية وربط نتائجها بالخصوبة. وتعتبر حالة كروماتين الحيوان المنوي من بين الموضوعات التي حظيت بأكبر قدر من الاهتمام، حيث أن الحيوان المنوي لا يؤثر فقط في تنشيط البويضة، بل ينقل أيضاً نصف الجينوم للجيل القادم، وبالتالي فإن سلامة الحمض النووي للحيوان المنوي ذات أهمية قصوى لتطور الجنين. وفي هذا السياق، فإن فحص صحة الحيوانات المنوية يتمتع بأهمية خاصة، ويمكن إرجاع نصف أهميته إلى العوامل التالية.
لذا، و نظراً لأهمية سلامة الحمض النووي للحيوان المنوي في الخصوبة، سنتناول في هذا الجزء طرق دراسة بنية الكروماتين.
أساس تقنية SCSA هو وجود حساسية بنية الكروماتين والحمض النووي عند التعرض للحمض وخصائص الأكريدين البرتقالي المتكرومية. يرتبط هذا الفلوروكروم كأحادي بين سلسلتي الحمض النووي، وعندما يكون الحمض النووي طبيعياً يكون لونه أخضر، وعندما يرتبط الفلوروكروم بسلسلة واحدة من الحمض النووي فإنه يشع لوناً أحمر-برتقالياً. يتم تحديد الحيوانات المنوية الملونة بواسطة مقياس التدفق الخلوي. يستخدم الباحثون هذه الطريقة بشكل أكبر في الدراسات السريرية، ويمكن باستخدام هذه الطريقة تحديد معدل نجاح الخصوبة لدى الفرد.
تم استخدام هذا الأسلوب في البداية لتشخيص مجموعة الحيوانات المنوية الخاضعة لعملية موت الخلية المبرمج (الأببتوز) في عينات القذف. في هذا الأسلوب، يمكن اكتشاف الكسور في سلسلة واحدة أو اثنتين من الحمض النووي. وفي هذا الأسلوب، تستهدف النيوكليوتيدات المسماة النيوكليوتيدات الطرفية للسلسلة المكسورة للحمض النووي. يحفز هذا التفاعل بواسطة إنزيم طرفي يقوم بدمج اليوريدين المُعدّل مع البيوتين أو الديجوكسيجينين في الطرف 3′ OH للسلسلة المكسورة. ثم يتم الكشف عن النيوكليوتيدات المعدلة المرتبطة بالفلورسنت. يتم تسمية النيوكليوتيد بشكل مباشر بالفلوروكروم. من أجل الكشف عن الفلورسنت في الحيوانات المنوية، يمكن استخدام المجهر الفلوري أو جهاز التدفق الخلوي. يشير لون الفلورسنت المرئي في كل حيوان منوي إلى وجود كسر في سلسلة أو سلسلتين من الحمض النووي.