جنین با استفاده از یک پیپت با حاشیه گرد (پیپت نگهدارنده) در جای خود نگه داشته می شود؛ دیواره جنین با استفاده از لیزر، باز می شود. پس از ایجاد منفذ، یک میکروپیپت (پیت بیوپسی) در آن قرار می گیرد. این کار زمینه را برای برداشتن یک سلول با اعمال فشار منفی برای مکش فراهم می کند. باقی مانده جنین، سلول جداشده را جبران می کند و پس از نمونه گیری بلاستومرها به تقسیمات سلولی خود ادامه می دهند.

بنابراین، اگر این روش به درستی انجام شود، هیچ خطری برای جنین نخواهد داشت. پس از برداشتن بلاستومر، جنین در حال رشد به ظرف کشت برگردانده شده و سلول برداشته شده نیز به منظور بررسی ژنتیکی، در یک لوله آزمایش قرار می گیرد و یا بروی یک لام فیکس می شود. در حالتی که از بیوپسی بلاستوسیست (روز ۵ و ۶) استفاده شود، معمولا نمونه برداری از تروفکتودرم صورت می گیرد. به طور کلی، نمونه گیری از سلول های جنین بلاستوسیستی ارجح است.